Das St.-Johannis-Kloster blickt auf eine lange Geschichte zurück. Viele Aspekte spielten dabei eine Rolle. Viele Menschen und Ereignisse hinterließen ihre Spuren.
Bevor das Kloster entstand, lebten auf dem Gelände Kaufleute, die weitreichende Handelsbeziehungen pflegten. Die Gründung des Benediktinerinnenklosters St. Johannis auf dem Holm vor Schleswig fällt in die Zeit um 1200. Schon seit spätestens 1170 gab es dort eine Pfarrkirche, die zur Klosterkirche wurde. Mehrere Zerstörungen durch Kriege, Sturm und Brände sind überliefert, und nach den besonders schweren Brandschäden von 1487 wurde neben anderen Baumaßnahmen auch der Kreuzgang neu aufgebaut. Im Zuge der Reformation erfolgte 1536 die Umwandlung in ein adeliges Damenstift.
Im Kloster wohnten nie mehr als zehn Nonnen, nach der Reformation neun Konventualinnen und eine Priörin, die auf einem Konvent aus ihrer Mitte heraus gewählt wird. Die Konventualinnen wählen auch den Klosterprobst, der von der Schleswig-Holsteinischen Ritterschaft vorgeschlagen wird.
Heute steht nur noch der Priörin im Kloster eine Wohnung zur Verfügung, die sie als Büro nutzt. Die übrigen Wohnungen werden vermietet. Der verhältnismäßig große Klosterbesitz umfasste seit dem 14. Jahrhundert zahlreiche Dörfer, Bauernhöfe, Mühlen, Klosterkrüge und drei Kirchen in der Umgebung. Der Besitz wurde
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